В. о. начальника - Кливець Петро спрямовує та координує діяльність структурних підрозділів Міжрегіонального управління:
1) Управління організації роботи;
2) Сектор забезпечення відомчого контролю;
3) Управління податкового адміністрування підприємств гірничо-металургійної сфери;
4) Управління податкового адміністрування підприємств виробничої сфери;
5) Управління податкового адміністрування підприємств невиробничої сфери;
6) Управління податкового адміністрування підприємств з виробництва та обігу підакцизних товарів транспортної галузі та ПЕК;
7) Управління правового забезпечення;
8) Управління податкового аудиту;
9) Сектор запобігання фінансовим операціям, пов'язаним з легалізацією доходів, одержаних злочинним шляхом;
10) Відділ фінансового забезпечення та бухгалтерського обліку;
11) Відділ персоналу;
12) Відділ податкових сервісів;
13) Відділ по роботі з податковим боргом;
14) Сектор з питань запобігання та виявлення корупції;
15) Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації;
16) Управління з питань виявлення та опрацювання податкових ризиків;
17) Управління економічного аналізу;
18) Управління трансфертного ціноутворення;
19) Відділ інформаційних технологій;
20) Сектор інформаційної взаємодії;
21) Криворізьке управління податкового адміністрування підприємств;
22) Запорізьке управління податкового адміністрування підприємств.
Заступник начальника – Босенко Євгеній спрямовує та координує діяльність структурних підрозділів Міжрегіонального управління:
1) Відділ інфраструктури та господарського забезпечення
Установити таку взаємозаміну на період відсутності керівництва Міжрегіонального управління:
Кливець Петро – Босенко Євгеній
Босенко Євгеній – Кливець Петро