Сплата до бюджету узгоджених податкових зобов’язань з ПДВ, що задекларовані платником в поданих податкових деклараціях з ПДВ, здійснюється платником шляхом поповнення електронного рахунку у СЕА ПДВ.
У подальшому, у терміни визначені Податковим кодексом України від 02 грудня 2010 року № 2755-VI із змінами та доповненнями (далі – ПКУ), ДПС на підставі поданих платниками податку податкових декларацій (уточнюючих розрахунків) будуть сформовані відповідні реєстри на перерахування сум податку до бюджету. Такі реєстри у визначені терміни будуть спрямовані до центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері казначейського обслуговування бюджетних коштів (Держказначейство), для здійснення перерахування таких сум до бюджету.
Відповідно кошти, які платники податку зарахували на електронний рахунок у СЕА ПДВ, будуть враховані при обрахунку розміру реєстраційного ліміту, що обчислюється відповідно до п. 200 прим.1 .3 ст. 200 прим.1 ПКУ.